Cette astuce ne fonctionne qu’en mode suphp avec suexec activé.
Testé avec un panel de type ISPConfig.

Dans le répertoire où vous souhaitez appliquer une directive PHP différente de la configuration classique :

• créer un fichier .htaccess avec comme contenu

suPHP_ConfigPath /var/www/domain.tld/web/subdirectory/

• créer un fichier php.ini avec comme contenu

magic_quotes_gpc = on

(remplacer magic_quotes_gpc par la directive de votre choix)